В январе 2011, года министр иностранных дел Польши Радослав Сикорски представил на рассмотрение Совета ЕС по иностранным делам предложение о создании новой европейской инициативы - Европейского фонда за демократию, расчитывая получить поддержку в создании Фонда в рамках пересмотра Европейской политики соседства. Идея заключалась в создании учреждения, которое дополнит существующие инструменты ЕС в области поддержки демократии, и заполнит при этом пробелы, предоставляя более гибкую и менее бюрократическую помощь.
Эта инициативыстала флагманской для председательства Польши в Совете ЕС во второй половине 2011 года. Инициатива получила политическую поддержку тогдашнего Верховного представителя Европейского союза по иностранным делам и политике безопасности Кэтрин Эштон, а затем и Комиссара Европейского Союза по вопросам расширения и Европейской политики соседства Штефана Фюле, и позже была включена в совместное заявление Верховного Представителя и Европейской комиссии по поводу "Нового ответа меняющемуся соседству".Кульминацией этих усилий стала публикация Заключениий Совета ЕС за декабрь 2011 и Заявления об учреждении Европейского фонда за демократию. В марте 2012 года Европейский парламент также выразил свою поддержку в форме рекомендаций для Совета ЕС относительно порядка создания Европейского фонда за демократию.
После завершения подготовки Уставов ЕФД государствами-членами и институтами Европейского Союза, 13 ноября 2012 года состоялось первое заседание Совета управляющих, а Секретариат ЕФД начал свою работу в июле 2013 года. В основе работы Фонда лежат партнерские отношения между институтами ЕС, Комиссией и Парламентом, а также государствами-членами.
Изначально мандат ЕФД распространялся только на страны региона Европейского соседства. Однако в 2015 году Совет управляющих ЕФД принял решение расширить сферу деятельности фонда на группу стран, называемых «соседи соседей». К ним относятся: Бахрейн, Чад, Иран, Ирак, Кувейт, Мали, Мавритания, Нигер, Оман, Катар, Саудовская Аравия, Судан, Турция и Объединенные Арабские Эмираты, а также Казахстан, Кыргызстан, Россия, Таджикистан, Туркменистан и Узбекистан.
В 2018 году ЕФД расширил свою сферу деятельности на страны региона Западных Балкан - Албанию, Боснию и Герцеговину, Косово, Черногорию, Сербию и Северную Македонию.